Vorweg:
Also ist dein Setup so eingerichtet, dass du für jeden der beiden Subs einen Kanal in der Vorstufe hast und diese dann ein einzeln in deine Endstufe gehen. Zudem hat Deine Endstufe auch noch einen DSP mit PEQs.
Dabei ist zu beachten, dass du nach dem Alignement der Subs zueinander die beiden nur noch gemeinsam betrachten musst.
Wenn also die Entfernung zu den Mains eingestellt werden soll, dann für beide zusammen.
Um bei meinem Beispiel zu bleiben :
Wenn zwischen den Subs 2ms Delay optimal ist und du dies in der Dynacord eingestellt hast und dann laut Impuls Diagramm das Delay zu den Mains z.B. 3ms ist, dann musst du diese 3 ms bei beiden SUB Kanälen in der Vorstufe einstellen.
Zu Deiner Frage bezgl. PEQ:
Hier führen viele Wege nach Rom.
Hier mal ein mögliches Vorgehen:
Nach dem Alignment solltest du per Messung den kombinierten Frequenzgang deiner beiden Subs messen.
Jetzt kannst Du mit der Auto-EQ Funktion von REW die richtigen Filter berechnen lassen.
Hierbei würde ich mit einer komplett flachen Targetkurve arbeiten. (Diese im Pegel ungefähr so platzieren, dass sie primär durch Absenkungen zu erreichen ist und keine oder nur minimale Boosts braucht.)
Diese PEQs kannst du dann in deiner Dynacord eintragen. Und zwar identisch bei beiden Kanälen.
Wenn Du jetzt nochmal den LFE misst, dann sollte dies so aussehen wie von REW mit den EQs vorhergesagt.
Im Idealfall hast du nun einen glatten Frequenzgang.
Jetzt hast du eine gute Basis für die Subs, die komplett über den DSP der Dynacord errreicht wurde.
Das ermöglicht Dir über die Vorstufe eine Abstimmung zu finden, die Dir am besten gefällt.
Entweder durch die Automatische Einmessung der Vorstufe mit entsprechenden Targets für den Bass oder manuell über die PEQs in der Vorstufe. Hier kann man dann z.B. den berühmten "Spass" Buckel einbauen.
Das ganze sollte schon schon ziemlich gute Ergebnisse liefern.
Noch besser wird es wie schon gesagt mit der Software "Multi Sub Optimizer". Diese berechnet praktisch per millionenfachem Ausprobieren PEQ Filter, die unabhängig pro SUB gesetzt werden können und den Frequenzgang dann praktisch perfekt glatt ziehen können. Ich denke nicht, dass man diese Filter auch manuell ermitteln kann, dafür beeinflussen sie sich viel zu sehr gegenseitig.